10X Genomics单细胞转录组测序数据的处理

Cellranger一步处理单细胞转录组测序数据

#!/bin/bash

#Single Cell 3' v2
#R1----cell barcode and UMI 16+10bp --r1-length must >= 26
#R2----cDNA length
#--expect-cells总是会遇到拿到的细胞数过少的问题，所以选用--force-cells强制规定细胞的数目
if [ $# -ne 7 ]
then
    echo "Usage: ./cellranger.sh [id] [fastqpath] [sampleID] \
    [cell_num] [t] [r1_length] [r2_length]"
    exit 65
fi

id=$1
fastqpath=$2
sampleID=$3
cell_num=$4
t=$5
r1_length=$6
r2_length=$7

cellranger count --id=$id --fastqs=$fastqpath \
    --transcriptome=/home/xxx/reference/refdata-cellranger-hg19-1.2.0 \ # download from cellranger website
    --sample=$sampleID --force-cells=$cell_num --localcores=$t --chemistry='SC3Pv2' \
    --r1-length=$r1_length --r2-length=$r2_length
​

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